home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 4 / Apprentice-Release4.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 4j / DBio / DREnzyme.cpp < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-12-17  |  37.6 KB  |  1,527 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. // DREnzyme.cp
  2. // d.g.gilbert
  3.  
  4.  
  5. #include <ncbi.h>
  6. #include <dgg.h>
  7. #include <DFile.h>
  8. #include <DList.h>
  9. #include <DApplication.h>
  10. #include <DWindow.h>
  11. #include <DControl.h>
  12. #include <DPanel.h>
  13. #include <DUtil.h>
  14. #include "DSequence.h"
  15. #include "DREnzyme.h"
  16.  
  17.  
  18. #if 1
  19. class DREnzymeGlobals {
  20. public:
  21.    DREnzymeGlobals() 
  22.        { 
  23.        DCodons::Initialize();
  24.        //DREMap::Initialize();
  25.        }
  26. };
  27.  
  28. static DREnzymeGlobals    globals; // initializes globals here
  29. #endif
  30.  
  31. extern Nlm_FonT  Nlm_fontInUse;
  32.  
  33.  
  34. // class DTableChoiceDialog
  35.  
  36. class DTableChoiceDialog : public DWindow {
  37. public: 
  38.     enum { cSetDefault = 3225, cChoose };
  39.     DPrompt    * fName;
  40.     DFile    * fFile;
  41.     Boolean fSetPref;
  42.     DTableChoiceDialog(char* title, char* desc=NULL, char* curfile = NULL);    
  43.     ~DTableChoiceDialog();        
  44.     Nlm_Boolean IsMyAction(DTaskMaster* action);
  45.     void OkayAction();
  46. };
  47.         
  48. DTableChoiceDialog::DTableChoiceDialog(char* title,char* desc,char* curfile) :
  49.     DWindow( 0, gApplication, fixed, -10, -10, -50, -20, title, kDontFreeOnClose),
  50.     fFile(NULL), fName(NULL), fSetPref(false)
  51. {
  52.     enum { cluwidth= 430 };
  53.     DCluster* clu;
  54.     DView* super;
  55.     if (desc) {
  56.         char buf[128];
  57.         sprintf(buf, "%s format", title);
  58.         clu= new DCluster( 0, this, 0, 0, false, buf);   
  59.         if (clu) super= clu; else super= this;
  60.         new DNotePanel(0, super, desc, cluwidth, 120);    
  61.         this->NextSubviewBelowLeft();
  62.         }
  63.  
  64.     if (curfile) fFile= new DFile(curfile,"r"); // in case user wants default !
  65.     clu= new DCluster( 0, this, 0, 0, false, "Current table");   
  66.     if (clu) super= clu; else super= this;
  67.     fName= new DPrompt( 0, super, curfile, cluwidth);
  68.     this->NextSubviewBelowLeft();
  69.  
  70.     new DButton( cChoose, this, "Choose file");
  71.     this->NextSubviewToRight();
  72.     new DCheckBox( cSetDefault,this,"Make this default table");
  73.     this->NextSubviewBelowLeft();
  74.     this->AddOkayCancelButtons(cOKAY,"Okay",cCANC,"Cancel");
  75. }
  76.  
  77. DTableChoiceDialog::~DTableChoiceDialog()
  78. {
  79.     if (fFile) delete fFile;
  80. }
  81.  
  82. Nlm_Boolean DTableChoiceDialog::IsMyAction(DTaskMaster* action) 
  83. {    
  84.     switch(action->Id()) {
  85.         case cChoose:
  86.             if (fFile) delete fFile;
  87.             if (gApplication->ChooseFile( fFile, NULL, "TEXT")) { 
  88.               fName->SetTitle( (char*)fFile->GetName());
  89.               gApplication->OpenDocument( fFile); // view it ??
  90.               }
  91.             return true;
  92.         default:
  93.             return DWindow::IsMyAction(action);    
  94.         }
  95. }
  96.  
  97. void DTableChoiceDialog::OkayAction() 
  98. { 
  99.     DWindow::OkayAction();
  100.     DCheckBox* ck = (DCheckBox*) this->FindSubview(cSetDefault);
  101.     if (ck && ck->GetStatus() && fFile && fFile->Exists()) {
  102.         fSetPref= true; 
  103.         }
  104. }
  105.  
  106.  
  107.     
  108. inline char* FlushLine( char* cp)
  109. {
  110.     char * ep;
  111.     while (*cp  && *cp <= ' ') cp++;
  112.     ep= StrChr(cp, '\0') - 1;
  113.     while (ep >= cp && *ep <= ' ') ep--;
  114.     ep[1]= 0;
  115.     //ep= StrChr(cp, ' '); if (ep) *ep= 0;
  116.     return cp;
  117. }
  118.  
  119.  
  120.  
  121.  
  122. #if 0
  123. // this isn't useful till we revise subclasses to be non-statics         
  124. // class DDataTable    
  125.  
  126. Nlm_Boolean DTableClass::NotAvailable()
  127. {
  128.     if (fState == kUnread) {
  129.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  130.         if (tablefile) ReadTable( tablefile);
  131.         else fState= kNodata;
  132.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  133.         }
  134.     return (fState != kOkay);
  135. }
  136.  
  137. void DTableClass::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  138. {
  139.     fState= kUnread;
  140.     fType= type;
  141.     fSection= section;
  142.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  143. }
  144.  
  145. void DTableClass::ReadTable( char* tableFile)
  146. {
  147.      DFile aFile( tableFile, "r");
  148.     ReadTable( &aFile);
  149. }
  150.  
  151. //void DTableClass::TableChoice() = 0;
  152. //void DTableClass::ReadTable(DFile* aFile) = 0
  153.  
  154. #endif
  155.  
  156.  
  157.  
  158.  
  159.  
  160.     
  161. // struct CodonStat    
  162.     
  163. CodonStat::CodonStat( char* codn, char ami, float numk):
  164.     amino(ami), numPerK( numk)
  165. {
  166.     if (!codn) codn= "---";
  167.     codon[0]= codn[0]; 
  168.     codon[1]= codn[1]; 
  169.     codon[2]= codn[2]; 
  170.     codon[3]= codn[3]; 
  171. }     
  172.          
  173.          
  174. // class DCodons    
  175.  
  176. short DCodons::fState= DCodons::kUnread;
  177. short DCodons::fStartcodon= -1;
  178. CodonStat* DCodons::fCodons= NULL;
  179. char* DCodons::fType= "codon";
  180. char* DCodons::fSection= "data";
  181. char* DCodons::fDefaultvalue= "tables:codon.table";
  182.  
  183. Nlm_Boolean DCodons::NotAvailable()
  184. {
  185.     if (fState == kUnread) {
  186.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  187.         if (tablefile) ReadTable( tablefile);
  188.         else fState= kNodata;
  189.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  190.         }
  191.     return (fState != kOkay);
  192. }
  193.  
  194. void DCodons::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  195. {
  196.     fState= kUnread;
  197.     fType= type;
  198.     fSection= section;
  199.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  200.     if (fCodons==NULL) fCodons= (CodonStat*) MemNew( 64 * sizeof(CodonStat));
  201. }
  202.  
  203. const char* DCodons::FindBestCodon( char matchamino)
  204. {
  205.     //shorten this x64 loop w/ sorted CodonTable sorted by most freq form/aa 
  206.     short k, bestk= -1;
  207.     float bestNumPerK= 0;
  208.     Boolean nomatch;
  209.     
  210.     for (k= 0, nomatch= true; k<64 && nomatch; k++) {
  211.         if (fCodons[k].amino == matchamino) {
  212.              if (bestk<0 || fCodons[k].numPerK > bestNumPerK) {
  213.                 bestk= k;
  214.                 bestNumPerK= fCodons[k].numPerK;
  215.                 }
  216.             }
  217.         else if (fCodons[k].amino > matchamino) {
  218.             nomatch= false;
  219.             }
  220.         }
  221.     if (bestk<0) return "NNN";  
  222.     else return fCodons[bestk].codon;
  223. }
  224.  
  225.  
  226.  
  227. void DCodons::TableChoice()
  228. {
  229.     char* title= "Codon Table";
  230.     char* desc = 
  231. "  gcg style, '..' signals start of data"LINEEND
  232. "AmAcid  Codon     Number    /1000     Fraction   .."LINEEND
  233. "Gly     GGG     1743.00      9.38      0.13"LINEEND
  234. "Gly     GGA     1290.00      6.94      0.09"LINEEND
  235. ;
  236.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  237.     
  238.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title, desc, tablefile);
  239.     if (win->PoseModally()) {
  240.         ReadTable( win->fFile);
  241.         if (fState != kOkay) {
  242.             Message(MSG_OK, "Table wasn't properly loaded.  Please try again");
  243.             }
  244.         else if (win->fSetPref)
  245.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  246.         }
  247.     MemFree( tablefile);
  248.     delete win;
  249. }
  250.  
  251.  
  252. void DCodons::ReadTable( char* tableFile)
  253. {
  254.      DFile aFile( tableFile, "r");
  255.     ReadTable( &aFile);
  256.     //delete aFile;
  257. }
  258.  
  259. #ifdef WIN_MSWIN
  260. static int LIBCALLBACK
  261. #else
  262. static int
  263. #endif
  264. aminosort(void* a, void* b)
  265. {
  266.     return ( ((CodonStat*)a)->amino -  ((CodonStat*)b)->amino);
  267. }
  268.  
  269. void DCodons::ReadTable(DFile* aFile)
  270. {
  271. /*------ file format for codon table (gcg style)
  272. AmAcid  Codon     Number    /1000     Fraction   ..
  273.          1         2         3         4   
  274. 12345678901234567890123456789012345678901234567890
  275. Gly     GGG     1743.00      9.38      0.13
  276. Gly     GGA     1290.00      6.94      0.09
  277. ------*/
  278.     const    short kLinemax= 512;
  279.      Boolean done= FALSE;
  280.     char        amino3[5], codon[5], startc;
  281.     char        line[kLinemax];
  282.     short        na;
  283.     float        number, numPerK, frac;
  284.     
  285.     if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  286.     aFile->OpenFile();
  287.     do {
  288.         aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  289.         done= (StrStr(line,"..") != NULL);
  290.     } while (!done && !aFile->Eof());
  291.     
  292.     done= FALSE;
  293.     startc= 0;
  294.     na= 0; 
  295.     while (!done && !aFile->Eof()) {
  296.         number= -1;
  297.         aFile->ReadLine( line, kLinemax); // eat line
  298.         if (*line > ' ') {
  299.             sscanf( line, "%3s %3s %f %f %f", &amino3, &codon, &number, &numPerK, &frac);
  300.             }
  301.         if (number > 0) {
  302.                     // use GCG practice of signifying start codon w/ all lowercase
  303.             fCodons[na].amino= DSequence::Amino321( amino3);
  304.           if (islower(amino3[0]) && islower(amino3[1]) && islower(amino3[2])) 
  305.                 startc= fCodons[na].amino;
  306.             codon[0]= toupper(codon[0]);
  307.             codon[1]= toupper(codon[1]);
  308.             codon[2]= toupper(codon[2]);
  309.             StrNCpy( fCodons[na].codon,codon,4);
  310.             fCodons[na].numPerK= numPerK;
  311.             na++;
  312.             }
  313.         done= na>= 64;
  314.         }
  315.     
  316.     if (done) {
  317.         Nlm_HeapSort(fCodons, 64, sizeof(CodonStat), aminosort);
  318.         if (!startc) startc= 'M'; // Met is usual start codon
  319.         for (short i= 0; i<64; i++) 
  320.           if (fCodons[i].amino == startc) { fStartcodon= i; break; }
  321.         fState= kOkay;
  322.         }
  323.     else fState= kNodata;
  324. }
  325.  
  326.  
  327.  
  328.  
  329.  
  330. // class DREnzyme
  331.  
  332.  
  333. DREnzyme::DREnzyme()
  334. {
  335.     fName= NULL;
  336.     fSite= NULL;
  337.     fCoSite= NULL;
  338.     fVendors= NULL;
  339.     fCutpoint = -1;
  340.     fCoCutpoint= -1;
  341.     fCut3from5 = 0;
  342.     fCutcount= 0;
  343. }
  344.  
  345. DREnzyme::~DREnzyme()
  346. {
  347.     MemFree( fName);
  348.     MemFree( fSite);
  349.     MemFree( fCoSite);
  350.     MemFree( fVendors);
  351. }
  352.  
  353.     
  354. Boolean DREnzyme::Parse( char* line)
  355. /*----
  356. [Name            Cut  Site                    ? !   Isoschizomers?                    >vendors ]
  357. ;AatI      3 AGG'CCT        0 !  Eco147I,StuI                 >OU
  358. AatII      5 G_ACGT'C      -4 !               >EGJLMNOPRSUVX
  359. AccI       2 GT'mk_AC       2 !               >ABDEGIJKLMNOPQRSUVXY
  360. ;AccII     2 CG'CG          0 !  Bsp50I,BstUI,MvnI,ThaI      >DEGJKQVXY
  361.  
  362. ? skip lines starting w/ ;
  363. ----*/
  364. {
  365.     //assume caller has eliminated blank lines 
  366.     short        i, k, l, len, sitel;
  367.     char        sitebuf[kMaxSite];
  368.     
  369.     if (*line == ';')  return false;
  370.     fCutpoint= 0;
  371.     fCut3from5= 0;
  372.  
  373.     i= 0; 
  374.     len= StrLen(line);
  375.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  376.     k= i;
  377.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  378.     l= i-k;
  379.     fName= (char*) MemNew(l+1);
  380.     StrNCpy( fName, line+k, l); 
  381.     fName[l]= 0;
  382.     
  383.         //get cutpoint ?
  384.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  385.     k= i;
  386.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  387.     l= i-k;
  388.     // word= copy(line,k,l); StringToNumber(word, long); fCutpoint= long; 
  389.     fCutpoint= atol(line+k);
  390.     
  391.         // get site && cutpoint 
  392.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;    
  393.     k= i;
  394.     for (l= 0; i<len && line[i]>' ' && l<kMaxSite; i++) {
  395.         if (isalpha(line[i])) sitebuf[l++]= line[i];
  396.         }
  397.     sitel= l;
  398.     sitebuf[sitel]= 0;
  399.     fSite= (char*) MemNew(sitel+1);
  400.     MemCpy(fSite, sitebuf, sitel+1);
  401.     
  402.         //skip fCut3from5 value ?
  403.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  404.     k= i;
  405.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  406.     //l= i-k;
  407.     fCut3from5= atol(line+k);
  408.  
  409.     //Boolean unsym= (fCut3from5 != 0 || sitel & 1);
  410.     if (1) {
  411. #if 1
  412.         long i;
  413.         char* aCoSite= (char*) MemNew(sitel+1);  
  414.         for (i=0; i<sitel; i++) aCoSite[sitel-i-1]= fSite[i];
  415.         aCoSite[sitel]= 0;
  416.             // ?? do complement before or after strcmp ?? likewise, reverse when?
  417.         DSequence::NucleicComplement( false, aCoSite, aCoSite, sitel);
  418.         if ( StringCmp(aCoSite, fSite) != 0) fCoSite= aCoSite;
  419.         else MemFree(aCoSite); 
  420. #else
  421.         long i, j;
  422.         char* aCoSite= (char*) MemNew(sitel+1);  
  423.         for ( i=0; i<sitel; i++) aCoSite[i]= fSite[i];
  424.         aCoSite[sitel]= 0;
  425.             // ?? do complement before or after strcmp ?? likewise, reverse when?
  426.         DSequence::NucleicComplement( false, aCoSite, aCoSite, sitel);
  427.         if ( StringCmp(aCoSite, fSite) != 0) {
  428.             for (i=0, j= sitel-1; i<j; i++, j--) {
  429.                 char c= aCoSite[i];
  430.                 aCoSite[i]= aCoSite[j];
  431.                 aCoSite[j]= c;
  432.                 }
  433.             aCoSite[sitel]= 0; // be sure ...
  434.             fCoSite= aCoSite;
  435.             }
  436.         else MemFree(aCoSite); 
  437. #endif
  438.  
  439. #if 1
  440.         fCoCutpoint= sitel - (fCutpoint + fCut3from5); 
  441. #else
  442.         if (fCut3from5) fCoCutpoint= sitel - (fCutpoint + fCut3from5); 
  443.         else fCoCutpoint= fCutpoint; // ?????? 
  444. #endif
  445.         }
  446.     
  447.     
  448.         //skip past "!"
  449.     while (i<len && line[i] != '!') i++;    
  450.     i++;
  451.         
  452.         //get Isoschizomers? -- not all have them! ?
  453.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  454.     if (line[i] != '>') {
  455.         k= i;
  456.         while (i<len && line[i]>' ') i++;
  457.         l= i-k;
  458.             //skip past ">"
  459.         while (i<len && line[i] != '>') i++;
  460.         }
  461.     i++;
  462.     
  463.         //get vendors  
  464.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  465.     k= i;
  466.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  467.     l= i-k; //Min(63,i-k);
  468.     fVendors= (char*) MemNew(l+1);
  469.     StrNCpy( fVendors, line+k, l); 
  470.     fVendors[l]= 0;
  471.     
  472.     return true;
  473. }
  474.         
  475.  
  476.  
  477. // class DREnzymeVendor
  478.  
  479.  
  480. DREnzymeVendor::DREnzymeVendor()
  481. {
  482.     fCode = '!';
  483.     fName    = NULL;
  484. }
  485.  
  486. DREnzymeVendor::~DREnzymeVendor()
  487. {
  488.     if (fName) MemFree( fName);
  489. }
  490.  
  491. Boolean DREnzymeVendor::Parse( char* line)
  492. // e.g.,  "A    Amersham (4/91)" 
  493. {
  494.     //assume caller has eliminated blank lines & flushed blanks from front & back 
  495. #if 1
  496.     char *cp= line;
  497.     fCode= *line;
  498.     line++;
  499.     while (*line && *line<=' ') line++;
  500.     fName= StrDup( line);
  501. #else
  502.     short        i, j, k, l, len;
  503.     len= StrLen(line);
  504.     for (i=0; i<len && line[i]<=' '; i++) ;
  505.     fCode= line[i];
  506.     i++;
  507.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  508.     l= len-i;
  509.     fName= (char*) MemNew(l+1);
  510.     StrNCpy( fName, line+i, l); 
  511.     fName[l]= 0;
  512. #endif
  513.  
  514.     return true;
  515. }
  516.  
  517.  
  518.  
  519.  
  520.  
  521.  
  522.  
  523.  
  524.  
  525. // DREMap ---------------------------------
  526.         
  527.  
  528. short DREMap::fState= DREMap::kUnread;
  529. char* DREMap::fType= "renzyme";
  530. char* DREMap::fSection= "data";
  531. char* DREMap::fDefaultvalue= "tables:renzyme.table";
  532. DList    * DREMap::fREnzymes = NULL ;                // of DREnzyme ?? same as gREnzymes
  533. DList    * DREMap::fREnzymeVendors = NULL ;     // of DREnzymeVendor
  534.     
  535.     
  536. //static
  537. void DREMap::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  538. {
  539.     fREnzymes= NULL; //?
  540.     fREnzymeVendors= NULL; //?
  541.     fState= kUnread;
  542.     fType= type;
  543.     fSection= section;
  544.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  545. }
  546.  
  547.  
  548.  
  549. DREMap::DREMap()
  550. {
  551.     fSeq= NULL;
  552.     fCoSeq= NULL;
  553.     fSeqCuts= NULL;
  554.     fCutcount= 0;
  555.     fCuttersCount= 0;
  556.     fType= "renzyme";
  557.     fSection= "data";
  558.     fDefaultvalue= "tables:renzyme.table";
  559. }
  560.  
  561. DREMap::~DREMap()  
  562. {
  563.     FreeTempData();
  564.     //FreeEnzymeList(); 
  565. }
  566.  
  567.  
  568.  
  569. //static
  570. void DREMap::FreeEnzymeList()
  571. {
  572.     fREnzymes = FreeListIfObject(fREnzymes); 
  573.     fREnzymeVendors = FreeListIfObject(fREnzymeVendors); 
  574. }
  575.  
  576. void DREMap::FreeTempData() 
  577. {
  578.     fSeq= NULL;
  579.     delete fCoSeq; fCoSeq= NULL;
  580.     MemFree(fSeqCuts); fSeqCuts= NULL;
  581.     fCutcount= 0;
  582.     fCuttersCount= 0;
  583. }
  584.  
  585. //static
  586. Nlm_Boolean DREMap::NotAvailable()
  587. {
  588.     if (fState == kUnread) {
  589.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  590.         if (tablefile) ReadTable( tablefile);
  591.         else fState= kNodata;
  592.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  593.         }
  594.     return (fState != kOkay);
  595. }
  596.  
  597. //static
  598. void DREMap::TableChoice()
  599. {
  600.     char* title= "R.Enzyme Table";
  601.     char* desc = 
  602. "    gcg format, '..' signals start of data"LINEEND
  603. "REBASE abbreviations for commercial sources of restriction enzymes"LINEEND
  604. "                A        Amersham (5/93)"LINEEND
  605. "                Y        P.C. Bio (9/91)"LINEEND
  606. "[Name            Cut  Site         Cut3-5 !   Isoschizomers?     >vendors]"LINEEND
  607. ".."LINEEND
  608. ";AatI      3 AGG'CCT        0 !  Eco147I,StuI         >OU"LINEEND
  609. "AatII      5 G_ACGT'C      -4 !                       >ELMNOPRSUX"LINEEND
  610. "AccI       2 GT'mk_AC       2 !                       >ABDEGKLMNOPQRSUX"LINEEND
  611. ";AccII     2 CG'CG          0 !  BstUI,MvnI,ThaI,Bsh1236I  >KQX"LINEEND
  612. ;
  613.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  614.  
  615.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title, desc, tablefile);
  616.     if (win->PoseModally()) {
  617.         ReadTable( win->fFile);
  618.         if (fState != kOkay) {
  619.             Message(MSG_OK, "REnzyme table wasn't properly loaded.  Please try again");
  620.             }
  621.         else if (win->fSetPref)
  622.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  623.         }
  624.     MemFree( tablefile);
  625.     delete win;
  626. }
  627.  
  628. //static
  629. void DREMap::ReadTable( char* tableFile)
  630. {
  631.      DFile aFile( tableFile, "r");
  632.     ReadTable( &aFile);
  633.     //delete aFile;
  634. }
  635.  
  636. //static
  637. void DREMap::ReadTable(DFile* aFile)  
  638. /*------ file format for Restriction Enzyme table (REbase in wisconsin/GCG format)
  639. blah, blah
  640.  
  641. Commercial sources of restriction enzymes are abbreviated as follows:
  642.  
  643.         A    Amersham (4/91)
  644.         :        :
  645.          Y    P.C. Bio (9/91)
  646.  
  647. [Name            Cut  Site         Cut3-5 !   Isoschizomers?                    >vendors \newline]
  648. ..
  649. ;AatI      3 AGG'CCT        0 !  Eco147I,StuI                      >OU
  650. AatII      5 G_ACGT'C      -4 !         >EGJLMNOPRSUVX
  651. AccI       2 GT'mk_AC       2 !         >ABDEGIJKLMNOPQRSUVXY
  652. ;AccII     2 CG'CG          0 !  Bsp50I,BstUI,MvnI,ThaI            >DEGJKQVXY
  653.     :                        :
  654. ----------------*/
  655. {
  656.     const    short kLinemax = 512;
  657.     char                line[kLinemax+1];
  658.     Boolean         done, gotfirst;
  659.     char    * cp;
  660.  
  661.      if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  662.      
  663.     FreeEnzymeList();
  664.     fREnzymeVendors = new DList(); // of StringHandle 
  665.     fREnzymes    = new DList();    // of REnzymeHandle 
  666.  
  667.     aFile->OpenFile();
  668.     done= FALSE;            
  669.     gotfirst= FALSE;
  670.     while (!done && !aFile->Eof()) {
  671.         aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  672.         done= StrStr(line, "sources of restriction enzymes") != NULL;
  673.         if (!done) {
  674.             gotfirst= TRUE;
  675.             done= StrStr(line, "Amersham") != NULL;  //vendor, maybe key line was changed...
  676.             }
  677.         }
  678.  
  679.         // Read vendor codes 
  680.     for (done= false; !done && !aFile->Eof(); ) {
  681.         if (!gotfirst) aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  682.         gotfirst= false;
  683.         cp= FlushLine(line);
  684.         if (*cp) {
  685.             DREnzymeVendor* rev = new DREnzymeVendor();
  686.             if (rev->Parse( cp))
  687.                 fREnzymeVendors->InsertLast( rev);
  688.             else
  689.                 delete rev;
  690.             }
  691.         done= (StrStr(cp, "..") != NULL);  // GCG format data separator 
  692.         }
  693.     
  694.         // Read Enzymes 
  695.     for (done= false; !done && !aFile->Eof(); ) {
  696.         aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  697.         cp= FlushLine( line);
  698.         if (*cp) {
  699.             DREnzyme*    re = new DREnzyme();
  700.             if (re->Parse( cp))
  701.                 fREnzymes->InsertLast( re);
  702.             else
  703.                 delete re;
  704.             }
  705.         }
  706.         
  707.     done= true; // !! need some test of acurrate read !!
  708.     if (done) {
  709.         fState= kOkay;
  710.         }
  711.     else fState= kNodata;
  712. }
  713.  
  714.  
  715. void DREMap::HuntCut( short n, short x, short& jlo)
  716. {    
  717.     short        jm, jhi, inc;
  718.     Boolean        done;
  719.  
  720.     jlo= 0; //TESTING....
  721.     
  722.     //- ascend= ((*fSeqCuts)^[n].fSeqIndex > (*fSeqCuts)^[1].fSeqIndex); 
  723.     if (jlo <= 0 || jlo > n) {
  724.         jlo= 0; 
  725.         jhi= n+1;
  726.         }
  727.         
  728.     else { // hunt from last low value section 
  729.         inc= 1;
  730.         if ( x >= fSeqCuts[jlo].fSeqIndex ) // ascend
  731.             do {
  732.                 jhi= jlo + inc;
  733.                 done= TRUE; 
  734.                 if (jhi > n)  
  735.                     jhi= n+1;
  736.                 else if ( x >= fSeqCuts[jhi].fSeqIndex ) {
  737.                     jlo= jhi; inc= inc + inc;
  738.                     done= FALSE; 
  739.                     }
  740.             } while (!done);
  741.             
  742.         else {
  743.             jhi= jlo;
  744.             do {
  745.                 jlo= jhi - inc;
  746.                 done= TRUE; 
  747.                 if (jlo < 1)
  748.                     jlo= 0;
  749.                 else if ( x < fSeqCuts[jlo].fSeqIndex) { //== ascend
  750.                     jhi= jlo; inc= inc + inc;
  751.                     done= FALSE;
  752.                     }
  753.             } while (!done);
  754.             }
  755.         }
  756.             // bisection 
  757.     while (jhi - jlo > 1) {
  758.         jm= (jhi + jlo) / 2;
  759.         if ( x > fSeqCuts[jm].fSeqIndex ) jlo= jm;
  760.         else if ( x == fSeqCuts[jm].fSeqIndex ) { jlo= jm; return; }
  761.         else jhi= jm;
  762.         }
  763. }        
  764.  
  765.  
  766. void DREMap::CutsAtBase( short atBase, short& firstCut, short& nCuts)
  767. {
  768.     short icut;
  769.         
  770.     nCuts= 0;
  771.     if ( fSeqCuts && fCutcount>0 ) {
  772.         /*-----
  773.         while ( ((*fSeqCuts)^[icut].fSeqIndex < atBase) do icut= icut+1;  
  774.         firstCut= icut;
  775.         ------*/
  776.         HuntCut( fCutcount, atBase, firstCut);    
  777.             //hunt may find middle of a run
  778.         while ( firstCut>1 && fSeqCuts[firstCut-1].fSeqIndex == atBase )
  779.             firstCut--;
  780.         icut= firstCut;  
  781.         while (fSeqCuts[icut].fSeqIndex == atBase) {
  782.             nCuts++;
  783.             icut++;
  784.             }
  785.         }
  786.     if (nCuts == 0) firstCut= 0; //??
  787. }
  788.  
  789.  
  790.  
  791. enum {     kSearchNotFound = -1, kStep = 1 };
  792.  
  793. long DREMap::QuickSearch( Nlm_Boolean first, char* target, long targlen, 
  794.                             char* source, long sourcelen)
  795. {
  796.     static long qIndex;
  797.     register char tBase; // fTargetbase
  798.     
  799.     tBase = target[0];
  800.     if (first) {
  801.         qIndex= -kStep;   
  802.         if (!tBase) return kSearchNotFound;
  803.         }
  804.  
  805. lNextStep:
  806.     qIndex += kStep; 
  807.     for (register long j= qIndex; j<sourcelen; j++) {  
  808.         if (tBase & source[j]) {
  809.             qIndex = j; 
  810.                         //? enough source left to match full target 
  811.             if (sourcelen-qIndex < targlen) 
  812.                 return kSearchNotFound;
  813.             else {
  814.               register char * sp = source + qIndex + 1;
  815.               register char * tp = target + 1;
  816.               for (register long k= targlen-1; (k); k--) 
  817.                   if ((*sp++ & *tp++) == 0) goto lNextStep; // no match
  818.                 return qIndex; // matched
  819.                 }
  820.             }
  821.         }
  822.     return kSearchNotFound;
  823. } 
  824.  
  825.     
  826.  
  827. void DREMap::SearchStrand( DSequence* bSeq, char* aTarget, char* sourcebits, long sourcelen,
  828.                                             DREnzyme* zyme, short cutAdd, long& zymecuts)
  829. {
  830.     long  targlen, i, len;
  831.   char   tb, * targbits;
  832.   
  833.   len= StrLen(aTarget);
  834.   targbits= (char*) MemNew(len+1);
  835.     for ( i=0, targlen = 0; i<len; i++) { 
  836.         tb = (char) DSequence::kMaskNucs & DSequence::NucleicBits(aTarget[i]);
  837.         if (tb) targbits[targlen++]= tb;
  838.         }
  839.   targbits[targlen]= 0;
  840.   
  841.     long indx= QuickSearch( true, targbits, targlen, sourcebits, sourcelen);
  842.     while (indx != kSearchNotFound) {
  843.         if (fCutcount >= fMaxcuts) {
  844.             fMaxcuts += 100;
  845.             fSeqCuts= (DRECutsItem*) MemMore( fSeqCuts, fMaxcuts * sizeof(DRECutsItem));
  846.             }
  847.         fSeqCuts[fCutcount].fSeqIndex= indx + cutAdd;
  848.         fSeqCuts[fCutcount].fREnzyme= zyme;
  849.         fCutcount++;
  850.         zymecuts++;
  851.         indx= QuickSearch( false, targbits, targlen, sourcebits, sourcelen);
  852.         }
  853.     MemFree(targbits);
  854. }
  855.         
  856.  
  857. void DREMap::FindCuts( DREnzyme* zyme, char* sourcebits, long sourcelen)
  858. {
  859.      long    zymecuts;
  860.  
  861. #if 0     
  862.     if (StringCmp(zyme->fName, "AlwI")==0) {
  863.         zymecuts= 0; // debug stop for misplaced zyme cutter
  864.         }
  865. #endif
  866.         
  867.     zymecuts= 0;
  868.     SearchStrand( fSeq, zyme->fSite, sourcebits, sourcelen, zyme, zyme->fCutpoint, zymecuts);
  869.  
  870.     if (zyme->fCoSite) {
  871.         // only do when 3' differs from 5' 
  872.         //!? ignore symmetric sites -- are these symmetric if fCut3!=fCut5
  873.         //!? also need to screen sites that are symmetric about cut points !?
  874.  
  875.         SearchStrand( fSeq, zyme->fCoSite, sourcebits, sourcelen, zyme, 
  876.                                     zyme->fCoCutpoint, zymecuts);
  877.         }
  878.     zyme->fCutcount= zymecuts;
  879.     if (zymecuts>0) fCuttersCount++;
  880. }
  881.  
  882.  
  883. #ifdef WIN_MSWIN
  884. static int LIBCALLBACK
  885. #else
  886. static int
  887. #endif
  888.  
  889. cutterCompare(void* a, void* b)
  890. {
  891.     short diff= ((DRECutsItem*)a)->fSeqIndex - ((DRECutsItem*)b)->fSeqIndex;
  892.     if (diff == 0) {
  893.         return StringCmp(((DRECutsItem*)a)->fREnzyme->fName, 
  894.                                   ((DRECutsItem*)b)->fREnzyme->fName);
  895.         }
  896.     else
  897.         return diff;
  898. }
  899.  
  900.  
  901. void DREMap::MapSeq( DSequence* aSeq)
  902. {
  903.     long  i, nzymes, len, sourcelen, aStart, aBases;
  904.     char * sourcebits, sb;
  905.     
  906.     FreeTempData();
  907.     if (NotAvailable()) return;
  908.     fSeq= aSeq;
  909.     fSeq->GetSelection( aStart, aBases);
  910.     aSeq->SetSelection(0,0); // for Complement...
  911.     fCoSeq= aSeq->Complement();
  912.     aSeq->SetSelection(aStart,aBases);  
  913.     
  914.     // make a NucBits form of fBases, once  
  915. #if 0
  916.         // this needs work -- draw currently expects start of seq/remap == 0, not aStart
  917.     if (aBases) {
  918.         len= aBases;
  919.         sourcebits= (char*) MemNew(len+1);
  920.         StrNCpy( sourcebits, aStart+fSeq->Bases(), len);
  921.         sourcebits[len]= 0;
  922.         }
  923.     else
  924. #endif
  925.     {
  926.     sourcebits= StrDup( fSeq->Bases());
  927.     len= StrLen(sourcebits);
  928.     }
  929.     for (i= 0, sourcelen= 0; i<len; i++) {
  930.         sb = (char) DSequence::kMaskNucs & DSequence::NucleicBits(sourcebits[i]);
  931.         if (sb) sourcebits[sourcelen++]= sb;
  932.         }
  933.   sourcebits[sourcelen]= 0;
  934.             
  935.     fCutcount= 0; 
  936.     fMaxcuts = 0;
  937.     fSeqCuts= (DRECutsItem*) MemNew(sizeof(DRECutsItem));
  938.     nzymes= fREnzymes->GetSize();
  939.     for (i=0; i<nzymes; i++) {
  940.         DREnzyme* re= (DREnzyme*) fREnzymes->At(i);
  941.         FindCuts( re, sourcebits, sourcelen);
  942.         }
  943.     MemFree( sourcebits);
  944.   
  945.     Nlm_HeapSort( fSeqCuts, fCutcount, sizeof(DRECutsItem), cutterCompare);
  946.     
  947.         // !! check for ident. zyme cuts at same site ?!!!
  948.   short at, lastat= -1;
  949.   char *name, *lastname=NULL;
  950.   for (i=0; i<fCutcount; i++) {
  951.       at= fSeqCuts[i].fSeqIndex;
  952.       name= fSeqCuts[i].fREnzyme->fName;
  953.       if (lastat == at && StringCmp(name, lastname)==0)
  954.         fSeqCuts[i].fREnzyme->fCutcount--;
  955.       lastname= name;
  956.       lastat= at;
  957.       }
  958. }
  959.  
  960.  
  961.  
  962.  
  963.  
  964.  
  965.  
  966. // class DBaseColors
  967.  
  968. short DBaseColors::fState= DBaseColors::kUnread;
  969. char* DBaseColors::fType= "color";
  970. char* DBaseColors::fSection= "data";
  971. char* DBaseColors::fDefaultvalue= "tables:color.table";
  972. baseColors DBaseColors::gAAcolors;
  973. baseColors DBaseColors::gNAcolors;
  974.     
  975. typedef unsigned long  colorVal;
  976.  
  977. Local colorVal        kBlack     = 0; 
  978. Local colorVal        kRed         = (255<<16);
  979. Local colorVal        kGreen     = (255<<8);
  980. Local colorVal        kBlue     = (255<<0);
  981. Local colorVal        kWhite     = 0xffffff00;
  982. Local colorVal         kYellow = (255<<16) | (255<<8);
  983. Local colorVal         kMagenta= (255<<16) | (255<<0);
  984. Local colorVal         kCyan     = (255<<8) | (255<<0);
  985. Local colorVal         kOrange = (255<<16) | (110<<8); // | 15<<0;
  986. Local colorVal         kOrange1 = (200<<16) | (110<<8); // | 15<<0; // this is brownish orange
  987. Local colorVal         kGreen1    = (200<<8) | (31<<16) | (21<<0);
  988. Local colorVal        kGray     = (127<<8) | (127<<16) | (127<<0);
  989. Local colorVal        kLtGray = (191<<8) | (191<<16) | (191<<0);
  990. Local colorVal        kDkGray = (63<<8) | (63<<16) | (63<<0);
  991.  
  992.  
  993. Nlm_Boolean DBaseColors::NotAvailable()
  994. {
  995.     if (fState == kUnread) {
  996.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  997.         if (tablefile) ReadTable( tablefile);
  998.         else fState= kNodata;
  999.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  1000.         }
  1001.     return (fState != kOkay);
  1002. }
  1003.  
  1004. void DBaseColors::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  1005. {
  1006.     fState= kUnread;
  1007.     fType= type;
  1008.     fSection= section;
  1009.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  1010.     InitColors();
  1011. }
  1012.  
  1013. // static
  1014. void DBaseColors::TableChoice()
  1015. {
  1016.     char * title = "Base Color Table";
  1017.     char* desc = 
  1018. "[nacolors]"LINEEND
  1019. "; nucleic acid colors"LINEEND
  1020. "; base=color value ;add line for each base desired in set [' '..'~']"LINEEND
  1021. "; put two color values on a line for UPPER and lowercase bases"LINEEND
  1022. "A=0xffaa88"LINEEND
  1023. "C=0xaaff88"LINEEND
  1024. "G=0x8877ff"LINEEND
  1025. "T=0x88aaaa"LINEEND
  1026. "[aacolors]"LINEEND
  1027. "; amino acid colors"LINEEND
  1028. "A=0xaaff88"LINEEND
  1029. "B=0xffaa88"LINEEND
  1030. "; ... etc ..."LINEEND
  1031. ; 
  1032.  
  1033.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1034.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title,desc,tablefile);
  1035.     if (win->PoseModally()) {
  1036.         ReadTable( win->fFile);
  1037.         if (fState != kOkay) {
  1038.             Message(MSG_OK, "Table wasn't properly loaded.  Please try again");
  1039.             }
  1040.         else if (win->fSetPref)
  1041.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  1042.         }
  1043.     MemFree( tablefile);
  1044.     delete win;
  1045. }
  1046.  
  1047.  
  1048.  
  1049. static void ReadColors( char* colorstr, colorVal& ncolor1, colorVal& ncolor2, Boolean& twocolors)
  1050. {
  1051.         // this is failing to get correct color !!
  1052.         // sometimes no where near correct (grey -> black or white)
  1053.         // colorstr is read correctly into color1/color2
  1054.         // but SelectColor/GetColor pair loses it...
  1055.         
  1056.     unsigned short cr, cg, cb;
  1057.     //Nlm_Uint1  cr, cg, cb;
  1058.   unsigned long color1 = 0, color2 = 0;
  1059.     char * ep;
  1060.  
  1061.     ep= StrChr(colorstr,';'); if (ep) *ep= 0;
  1062.     colorstr= FlushLine( colorstr);
  1063.     twocolors= (StrChr(colorstr,' ') != NULL);
  1064.          // this works on Sol2, but %lx doesn't !
  1065.   sscanf( colorstr, "%li %li", &color1, &color2);  
  1066.   
  1067.     cr= (color1>>16) & 0xff;
  1068.     cg= (color1>>8) & 0xff;
  1069.     cb= (color1) & 0xff;
  1070. #ifdef WIN_MAC
  1071.     // color1 is correct format
  1072. #endif
  1073. #ifdef WIN_MSWIN
  1074.   color1 = (cr | cg << 8 | ((ulong)cb) << 16); //RGB (cr, cg, cb);
  1075. #endif
  1076. #ifdef WIN_MOTIF
  1077.     // X uses mapped values thru setcolor -- need to do the select/get dance
  1078.     Nlm_SelectColor( cr, cg, cb);
  1079.     color1= Nlm_GetColor();
  1080. #endif
  1081.     ncolor1= color1;
  1082.  
  1083.     if (twocolors) {
  1084.         cr= (color2>>16) & 0xff;
  1085.         cg= (color2>>8) & 0xff;
  1086.         cb= (color2) & 0xff;
  1087. #ifdef WIN_MAC
  1088.     // color2 is correct format
  1089. #endif
  1090. #ifdef WIN_MSWIN
  1091.   color2 = (cr | cg << 8 | ((ulong)cb) << 16); //RGB (cr, cg, cb);
  1092. #endif
  1093. #ifdef WIN_MOTIF
  1094.     // X uses mapped values thru setcolor -- need to do the select/get dance
  1095.         Nlm_SelectColor( cr, cg, cb);
  1096.         color2= Nlm_GetColor();
  1097. #endif
  1098.         ncolor2= color2;
  1099.         }
  1100. }
  1101.  
  1102.  
  1103. void DBaseColors::ReadTable( char* tableFile)
  1104. {
  1105.      DFile aFile( tableFile, "r");
  1106.     ReadTable( &aFile);
  1107. }
  1108.  
  1109.  
  1110. void DBaseColors::ReadTable(DFile* aFile)
  1111. {
  1112.     Boolean done= false;
  1113.     unsigned long*    curcolors;
  1114.     short      iline, nlines = 0;
  1115.     char    * line;
  1116.      char**    linelist;
  1117.  
  1118.     if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  1119.     colorVal savecolor= Nlm_GetColor();    
  1120.     
  1121.     aFile->Open("r");
  1122.      linelist= Dgg_ReadDefaultPrefs( aFile->fFile, &nlines);
  1123.     
  1124.     for (iline= 0; iline<nlines; iline++) {
  1125.         line= linelist[iline];
  1126.         if (line && *line) {
  1127.             if (*line == '[') { // sect name 
  1128.                 if (StrNICmp(line+1,"nacolor",7)==0)  
  1129.                     curcolors= &gNAcolors[0];
  1130.                 else if (StrNICmp(line+1,"aacolor",7)==0) 
  1131.                     curcolors= &gAAcolors[0];
  1132.                 else 
  1133.                     curcolors= NULL;
  1134.                 }
  1135.             else if (*line == ';') {
  1136.                 // skip comment
  1137.                 }
  1138.             else if (curcolors) {
  1139.                 char* colorval= StrChr(line, '=');
  1140.                 if (colorval) {
  1141.                         // look for 2 values in color value, up & lowcase char colors !?
  1142.                     Boolean     twocolors= false;
  1143.                     colorVal    ncolor1, ncolor2;
  1144.                     char basec= *line;
  1145.                     ::ReadColors( colorval+1, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1146.                     curcolors[ toupper(basec) - ' ']= ncolor1;
  1147.                     if (twocolors) ncolor1= ncolor2;
  1148.                     curcolors[ tolower(basec) - ' ']= ncolor1;    
  1149.                     }
  1150.                 }
  1151.             MemFree(line);
  1152.             }
  1153.         }
  1154.     MemFree(linelist);
  1155.  
  1156.     
  1157.     Nlm_SetColor(savecolor);
  1158.  
  1159.     done= true; // !! need some test of acurrate read !!
  1160.     if (done) {
  1161.         fState= kOkay;
  1162.         }
  1163.     else fState= kNodata;
  1164. }
  1165.  
  1166.  
  1167.     // make color palette like these into class
  1168.     // w/ file open/save methods, dialog choose color method
  1169.     // simplest dialog -- use r,g,b and gray switches
  1170.  
  1171. //static
  1172. void DBaseColors::InitColors() 
  1173. {
  1174.         // a static method for static vars
  1175.         // should call this Init routine from some local initializer class at startup
  1176.         // can't use the const values above -- not same for diff win systems
  1177.         //Nlm_SelectColor (Nlm_Uint1 red, Nlm_Uint1 green, Nlm_Uint1 blue)
  1178.         // ^^ this is safe for all win sys    
  1179.     colorVal savecolor= Nlm_GetColor();
  1180.     Nlm_SelectColor(   0,   0,   0); kBlack= Nlm_GetColor();
  1181.     Nlm_SelectColor( 255, 255, 255); kWhite= Nlm_GetColor();
  1182.     Nlm_SelectColor( 255,   0,   0); kRed= Nlm_GetColor();
  1183.     Nlm_SelectColor(   0, 255,   0); kGreen= Nlm_GetColor();
  1184.     Nlm_SelectColor(   0,   0, 255); kBlue= Nlm_GetColor();
  1185.     Nlm_SelectColor( 255, 255,   0); kYellow= Nlm_GetColor();
  1186.     Nlm_SelectColor( 255,   0, 255); kMagenta= Nlm_GetColor();
  1187.     Nlm_SelectColor(   0, 255, 255); kCyan= Nlm_GetColor();
  1188.     Nlm_SelectColor( 200,  89,  15); kOrange= Nlm_GetColor();
  1189.     Nlm_SelectColor(  31, 200,  31); kGreen1= Nlm_GetColor();
  1190.     Nlm_SelectColor( 127, 127, 127); kGray= Nlm_GetColor();
  1191.     Nlm_SelectColor( 191, 191, 191); kLtGray= Nlm_GetColor();
  1192.     Nlm_SelectColor(  63,  63,  63); kDkGray= Nlm_GetColor();
  1193.     Nlm_SetColor(savecolor);
  1194.     
  1195.     char ch;
  1196.     for (ch= ' '; ch <= '~'; ch++) { 
  1197.         gAAcolors[ch-' ']= kBlack; 
  1198.         gNAcolors[ch-' ']= kBlack; 
  1199.         }
  1200.     gNAcolors['A'-' ']= kRed;      
  1201.     gNAcolors['a'-' ']= kRed;
  1202.     gNAcolors['C'-' ']= kBlue;     
  1203.     gNAcolors['c'-' ']= kBlue;
  1204.     gNAcolors['G'-' ']= kGreen1; 
  1205.     gNAcolors['g'-' ']= kGreen1;
  1206.     gNAcolors['T'-' ']= kOrange;  
  1207.     gNAcolors['t'-' ']= kOrange;
  1208.     gNAcolors['U'-' ']= kOrange;
  1209.     gNAcolors['u'-' ']= kOrange;
  1210. }
  1211.  
  1212.  
  1213.  
  1214.  
  1215.  
  1216.  
  1217. // class DSeqStyle
  1218.  
  1219. short DStyleTable::fState= DStyleTable::kUnread;
  1220. char* DStyleTable::fType= "seqmasks";
  1221. char* DStyleTable::fSection= "data";
  1222. char* DStyleTable::fDefaultvalue= "tables:seqmasks.table";
  1223. DList* DStyleTable::fStyles= NULL;
  1224. DSeqStyle DStyleTable::fLaststyle;
  1225. char    DStyleTable::fLastch= 0;
  1226. char* DStyleTable::fToprow = NULL;
  1227. long    DStyleTable::fToprowlen= 0;
  1228.  
  1229.  
  1230. DSeqStyle::DSeqStyle() :
  1231.     name(NULL), description(NULL),
  1232.     fontname(NULL),fontsize(10), font(NULL),
  1233.     bold(false), italic(false), uline(false), uppercase(false), lowercase(false),
  1234.     dofontpat(false),invertcolor(false), framestyle(kFrameSolid),
  1235.     fontcolor(0), backcolor(0), framecolor(0), 
  1236.     doframecolor(false), dofontcolor(false), dobackcolor(false),
  1237.     repeatchar(0),frame(kFramenone)
  1238. {
  1239.     MemFill(fontpattern,0,sizeof(fontpattern));
  1240. }
  1241.  
  1242.  
  1243. DSeqStyle::~DSeqStyle()
  1244. {
  1245.     MemFree( name);
  1246.     MemFree( description);
  1247.     MemFree( fontname);
  1248. }
  1249.  
  1250. void DSeqStyle::GetFont()
  1251. {
  1252.     if (fontname) 
  1253.         font= Nlm_GetFont( fontname, fontsize, bold, italic, uline, NULL);
  1254.     if (dofontpat && !dobackcolor) {
  1255.         dobackcolor= true;
  1256.         backcolor= 0; // black!? always or not?
  1257.         }
  1258. }
  1259.  
  1260. DObject* DSeqStyle::Clone()  
  1261. {    
  1262.     DSeqStyle* astyle= (DSeqStyle*) DObject::Clone();
  1263.     astyle->name= StrDup( name);
  1264.     astyle->description= StrDup( description);
  1265.     astyle->fontname= StrDup( fontname);
  1266.     return astyle;
  1267. }
  1268.  
  1269.  
  1270.  
  1271. Nlm_Boolean DStyleTable::NotAvailable()
  1272. {
  1273.     if (fState == kUnread) {
  1274.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1275.         if (tablefile) ReadTable( tablefile);
  1276.         else fState= kNodata;
  1277.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  1278.         }
  1279.     return (fState != kOkay);
  1280. }
  1281.  
  1282. void DStyleTable::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  1283. {
  1284.     fState= kUnread;
  1285.     fType= type;
  1286.     fSection= section;
  1287.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  1288.     fStyles= new DList();
  1289.     fLastch= 0;
  1290.     fToprow = NULL;
  1291.     fToprowlen= 0;
  1292. }
  1293.  
  1294. void DStyleTable::ReadTable( char* tableFile)
  1295. {
  1296.      DFile aFile( tableFile, "r");
  1297.     ReadTable( &aFile);
  1298. }
  1299.  
  1300. void DStyleTable::ReadTable(DFile* aFile)
  1301. {
  1302.     Boolean done= false;
  1303.     short      iline, nlines = 0;
  1304.     char    * line;
  1305.      char ** linelist;
  1306.     DSeqStyle    *    astyle = NULL;
  1307.     char            * cp;
  1308.     Boolean     twocolors;
  1309.     colorVal    ncolor1, ncolor2;
  1310.     
  1311.     if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  1312.     colorVal savecolor= Nlm_GetColor();    
  1313.     fStyles->FreeAllObjects(); 
  1314.     
  1315.     aFile->Open("r");
  1316.      linelist= Dgg_ReadDefaultPrefs( aFile->fFile, &nlines);
  1317.     
  1318.     for (iline= 0; iline<nlines; iline++) {
  1319.         line= linelist[iline];
  1320.         if (line && *line) {
  1321.         
  1322.             if (*line == '[') { // sect name 
  1323.                 if (astyle) { astyle->GetFont(); fStyles->InsertLast(astyle); }  // save last one
  1324.                 astyle= new DSeqStyle();
  1325.                 cp= StrChr(line,']'); if (cp) *cp= 0;
  1326.                 astyle->name= StrDup(line+1); // ?? or do we use a "name=" variable?
  1327.                 }
  1328.                 
  1329.             else if (*line == ';') { // skip comment
  1330.                 }
  1331.                 
  1332.             else if (astyle) {
  1333.                 char* val= StrChr(line, '=');
  1334.                 if (val) {
  1335.                     *val++= 0;
  1336.                     while (isspace(*val)) val++;
  1337.                     
  1338.                     if (StrNICmp(line,"descr",5)==0) {
  1339.                         astyle->description= StrDup(val);
  1340.                         }
  1341.                     else if (StrNICmp(line,"repeat",6)==0) {
  1342.                         astyle->repeatchar= *val;
  1343.                         }
  1344.                     else if (StrNICmp(line,"frame",5)==0) {
  1345.                         if (StrNICmp(val,"box",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramebox ;
  1346.                         else if (StrNICmp(val,"oval",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFrameoval ;
  1347.                         else if (StrNICmp(val,"round",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramerrect ;
  1348.                         }
  1349.                     else if (StrNICmp(line,"boxstyle",5)==0) {
  1350.                         if (StrNICmp(val,"dashed",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameDashed ;
  1351.                         else if (StrNICmp(val,"dotted",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameDotted ;
  1352.                         else if (StrNICmp(val,"solid",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameSolid ;
  1353.                         else if (StrNICmp(val,"dark",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameDark ;
  1354.                         else if (StrNICmp(val,"medium",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameMedium ;
  1355.                         else if (StrNICmp(val,"light",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameLight ;
  1356.                         }
  1357.                     else if (StrNICmp(line,"style",5)==0) {
  1358.                         char* delims= ",;\t ";
  1359.                         char* word = StrTok(val, delims);
  1360.                         while (word) {
  1361.                             if (StrNICmp(word,"bold",3)==0) astyle->bold= true ;
  1362.                             else if (StrNICmp(word,"italic",3)==0) astyle->italic= true ;
  1363.                             else if (StrNICmp(word,"underline",3)==0) astyle->uline= true ;
  1364.                             else if (StrNICmp(word,"uppercase",3)==0) astyle->uppercase= true ;
  1365.                             else if (StrNICmp(word,"lowercase",3)==0) astyle->lowercase= true ;
  1366.                             else if (StrNICmp(word,"box",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramebox ;
  1367.                             else if (StrNICmp(word,"frame",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramebox ;
  1368.                             else if (StrNICmp(word,"invertcolor",3)==0) astyle->invertcolor= true ;
  1369.                             word= StrTok( NULL, delims);
  1370.                             }
  1371.                         }
  1372.                     else if (StrNICmp(line,"fontcolor",7)==0) {
  1373.                         ::ReadColors( val, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1374.                         astyle->dofontcolor= true;
  1375.                         astyle->fontcolor= ncolor1;
  1376.                         }
  1377.                     else if (StrNICmp(line,"backcolor",7)==0) {
  1378.                         ::ReadColors( val, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1379.                         astyle->dobackcolor= true;
  1380.                         astyle->backcolor= ncolor1;
  1381.                         }
  1382.                     else if (StrNICmp(line,"framecolor",7)==0 
  1383.                                 || StrNICmp(line,"boxcolor",6)==0) {
  1384.                         ::ReadColors( val, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1385.                         astyle->doframecolor= true;
  1386.                         astyle->framecolor= ncolor1;
  1387.                         }
  1388.                     else if (StrNICmp(line,"fontnam",7)==0) {
  1389.                         astyle->fontname= StrDup(val);
  1390.                         }
  1391.                     else if (StrNICmp(line,"fontsiz",7)==0) {
  1392.                         astyle->fontsize= atol(val);
  1393.                         }
  1394.                     else if (StrNICmp(line,"fillpat",7)==0  
  1395.                               || StrNICmp(line,"fontpat",7)==0) {
  1396.                         astyle->dofontpat= true;
  1397.                         char * pat= astyle->fontpattern;
  1398.                       sscanf( val, "%li %li", pat, pat+4);  
  1399.                         }
  1400.  
  1401.                     }
  1402.                 }
  1403.             MemFree(line);
  1404.             }
  1405.         }
  1406.     MemFree(linelist);
  1407.     if (astyle) { astyle->GetFont(); fStyles->InsertLast(astyle); }  // save last one
  1408.     Nlm_SetColor(savecolor);
  1409.  
  1410.     done= true; // !! need some test of acurrate read !!
  1411.     if (done)  fState= kOkay;
  1412.     else fState= kNodata;
  1413. }
  1414.  
  1415.  
  1416. // static
  1417. void DStyleTable::TableChoice()
  1418. {
  1419.     char * title = "Sequence Style Table";
  1420.     char * desc = 
  1421. "[mask1]"LINEEND
  1422. "description=This is my first mask"LINEEND
  1423. "style=bold,italic,box,underline,uppercase/lowercase,invertcolor"LINEEND
  1424. "repeatchar=. ; use if you want mult-align repeated chars set to this"LINEEND
  1425. "fontname=Times"LINEEND
  1426. "fontsize=12"LINEEND
  1427. "fontcolor=0xff0000"LINEEND
  1428. "backcolor=0x80e0e0"LINEEND
  1429. "boxcolor=0x00ff00"LINEEND
  1430. "fillpattern=0xffaa8877 0xccddeeff ; use 2 hex-long values for this 8-byte pattern"LINEEND
  1431. "[anothermask]"LINEEND
  1432. "description=my second mask"LINEEND
  1433. "; ... etc ..."LINEEND
  1434. ; 
  1435.  
  1436.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1437.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title,desc,tablefile);
  1438.     if (win->PoseModally()) {
  1439.         ReadTable( win->fFile);
  1440.         if (fState != kOkay) {
  1441.             Message(MSG_OK, "Table wasn't properly loaded.  Please try again");
  1442.             }
  1443.         else if (win->fSetPref)
  1444.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  1445.         }
  1446.     MemFree( tablefile);
  1447.     delete win;
  1448. }
  1449.  
  1450.  
  1451. void DStyleTable::StartDraw(char* toprowbases, long maxrow)
  1452. {
  1453.     fToprow= toprowbases; // any need to dup it?
  1454.     fToprowlen= maxrow;
  1455.     fLastch= 0;
  1456. }
  1457.  
  1458. void DStyleTable::EndDraw()
  1459. {
  1460.     fToprow= NULL;
  1461.     fLaststyle.ClearDrawing();
  1462.     fLastch= 0;
  1463. }
  1464.  
  1465. void DSeqStyle::ClearDrawing()
  1466. {
  1467.         // reverse the draw screen state
  1468.     if (font) ; // set saved font !?
  1469.     font= NULL;
  1470.     //if (invertcolor) Nlm_InvertColors(); // do before Black()
  1471.     Nlm_Black();
  1472.     fontcolor= 0; // == black
  1473.     if (dobackcolor) ; //??
  1474.     backcolor= 0;
  1475.     if (dofontpat) Nlm_Solid();
  1476.     dofontpat= false;
  1477. }
  1478.  
  1479. void DStyleTable::DrawBaseWithStyle( char ch, long baseindex, short maskval,     
  1480.                                                                       Nlm_RecT&    crec, short atrow)
  1481. {
  1482.     //short maskval= aseq->MaskAt(baseindex, masklevel);
  1483.     DSeqStyle* style= NULL;
  1484.     if (maskval) style= (DSeqStyle*) fStyles->At(maskval-1);
  1485.     if (!style) {
  1486.         Nlm_PaintChar(ch);
  1487.         return;
  1488.         }
  1489.         
  1490.     if (style->repeatchar && atrow>0 && fToprow && baseindex<fToprowlen && ch == fToprow[baseindex]) 
  1491.         ch= style->repeatchar;
  1492.     if (style->uppercase) ch= toupper(ch);
  1493.     else if (style->lowercase) ch= tolower(ch);
  1494.     
  1495.     if (style->font && (style->font != Nlm_fontInUse || style->font != fLaststyle.font)) 
  1496.         Nlm_SelectFont(style->font);  
  1497.     if (style->dofontcolor) {
  1498.         //if (style->fontcolor != fLaststyle.fontcolor) 
  1499.         Nlm_SetColor(style->fontcolor);
  1500.         }
  1501.     else {
  1502.         // !! Fix this -- pass "colors" param
  1503.         //if (ch!=fLastch) Nlm_SetColor( colors[ch-' ']);
  1504.         }
  1505.         
  1506.     if (style->invertcolor && !fLaststyle.invertcolor) Nlm_InvertColors();
  1507.     // ?? &/or Nlm_InvertRect( &crec);
  1508.     // #define  ShadeInvert()  { PaintRect(myRect);    TextMode(srcBIC); }
  1509.     // if (style->dobackcolor) { Nlm_SetColor(style->backcolor); Nlm_PaintRect(&crec);    TextMode(srcBIC); } //???
  1510.     // if (style->dofontpat) Dgg_PenPattern(fontpattern);  
  1511.     
  1512.     Nlm_PaintChar(ch);
  1513.     
  1514.     if (style->frame) switch (style->frame) {
  1515.         case DSeqStyle::kFramebox:     Nlm_FrameRect( &crec); break;
  1516.         case DSeqStyle::kFrameoval:  Nlm_FrameOval( &crec); break;
  1517.         case DSeqStyle::kFramerrect: Nlm_FrameRoundRect( &crec, 4,4); break;
  1518.         default: break;
  1519.         }
  1520.         
  1521.     fLastch= ch;
  1522.     fLaststyle= *style;
  1523. }            
  1524.  
  1525.  
  1526.  
  1527.